Nusantara Pusat Pembauran Manusia Sejak Purba

Data genetika terbaru menyingkap pembauran leluhur manusia modern dengan manusia purba paling intensif terjadi di Papua, dibandingkan di seluruh penjuru dunia lain. Temuan ini menguatkan posisi penting Kepulauan Nusantara, sebagai lokus kunci untuk memahami evolusi manusia modern di luar Afrika.

​Perspektif baru tentang sejarah evolusi dan pembauran leluhur manusia modern (Homo sapiens) dengan manusia purba, Denisovan, diperoleh dari kajian bersama peneliti Lembaga Biologi Molekuler Eijkman dengan peneliti sejumlah negara. Hasil kajian mereka dipublikasikan di jurnal internasional Cell Press, pada Kamis (11/4/2019).

​Kesimpulan dari kajian terbaru diperoleh dengan metode terbaru analisis DNA melalui pengurutan total genom sebanyak 161 individu di Indonesia, meliputi Sumatera hingga Papua dan Papua Niugini. Pola genetik ini kemudian dibandingkan dengan 317 genom manusia di berbagai belahan dunia dan genom manusia purba, Denisovan dan Neandertal.

​”Kami menemukan bahwa orang Papua (dan Papua Niugini) ternyata memiliki gen Denisovan 3-5 persen, sementara rata-rata populasi lain di Indonesia dan Asia Timur hingga Indian Amerika kurang dari 3 persen,” kata Pradiptajati Kusuma, peneliti genetika populasi Lembaga Eijkman, yang turut dalam penelitian ini.

Kami menemukan bahwa orang Papua (dan Papua Niugini) ternyata memiliki gen Denisovan 3-5 persen, sementara rata-rata populasi lain di Indonesia dan Asia Timur hingga Indian Amerika kurang dari 3 persen.

​Sejumlah penelitian sebelumnya menunjukkan, manusia modern yang ada di luar Afrika ternyata memiliki bauran gen Homo neanderthal dan sepupunya, Denisovan. Sementara manusia di Afrika tidak memiliki dua gen purba ini, yang menandai bahwa pembauran dengan Neanderthal dan Denisovan baru terjadi setelah Homo sapiens meninggalkan Afrika.

​Neanderthal, Denisovan, dan Sapiens awalnya berasal dari leluhur yang sama dan tinggal di Afrika hingga sekitar 800.000 tahun lalu. Leluhur Homo sapiens kemudian terpisah proses evolusinya sejak 600.000 tahun lalu. Baru sekitar 200.000 tahun lalu Sapiens menjadi sosok manusia yang anatominya sudah menyerupai manusia seperti saat ini, dan sekitar 120.000 tahun lalu mulai keluar dari Afrika (out of Africa).

​Neanderthal dan Denisovan lebih dulu keluar Afrika dibandingkan Homo sapiens. Menurut kajian sebelumnya oleh Viviane Slon (2018), leluhur kedua manusia purba ini telah terpisah sejak 380.000 tahun lalu, sekalipun ada beberapa temuan fosil hibrid antara dua manusia purba ini. Fosil Denisovan, sejauh ini baru ditemukan di Siberia, sekalipun jejak genetiknya ditemukan pada semua manusia modern di luar Afrika.

​”Kita sekarang tahu bahwa ada banyak sekali kelompok manusia purba yang ditemukan di seluruh planet ini sebelum penyebaran Sapiens. Nenek moyang kita berbaur dengan mereka sepanjang waktu,” kata Murray Cox, ahli genetika dari Massey University di Selandia Baru, yang turut dalam studi bersama tim Eijkman ini.

Tiga kelompok populasi​

Kajian mereka telah menemukan, setidaknya ada tiga kelompok populasi Denisovan yang berbaur dengan leluhur Sapiens dan masing-masing berevolusi terpisah. Ketiga populasi Denisovan ini diberi simbol D0, D1, dan D3.  Pembauran D0 banyak dijumpai pada manusia di Asia Timur, sedangkan D2 ditemukan di seluruh manusia Indonesia modern, termasuk Papua. Namun, Papua memiliki tambahan D1, sementara populasi lain di seluruh dunia tidak punya.

​”Jadi, leluhur orang Papua mengalami dua kali pembauran genetik dengan Denisovan. Introgresi (masuknya) gen Denisovan D1 di Papua terjadi sekitar 30.000 tahun lalu, dan Denisovan D2 sekitar 46.000 tahun lalu,” kata Pradiptajati.

Jadi, leluhur orang Papua mengalami dua kali pembauran genetik dengan Denisovan.

​Seperti diketahui, nenek moyang orang Papua merupakan kelompok migran pertama Sapiens yang keluar Afrika dan telah tiba di kawasan ini sejak sekitar 70.000 tahun lalu.

Temuan ini menjadi bukti baru yang menunjukkan bahwa sebelum kedatangan Sapiens ke Papua, kawasan ini telah dihuni manusia purba Denisovan. ”Orang-orang dulu berpikir bahwa Denisovan tinggal di daratan Asia dan jauh di utara (Siberia),” kata Cox.

”Penelitian kami membuktikan bahwa pusat keanekaragaman kuno bukan di Eropa atau Asia utara yang membeku, melainkan di kepulauan tropis di Asia Tenggara.”

​Posisi Asia Tenggara sebagai pusat evolusi manusia di luar Afrika ini, sebelumnya dikukuhkan dengan penemuan Homo floresiensis atau manusia kerdil di Pulau Flores. Apalagi, bersamaan dengan terbitnya tulisan tim Eijkman di Cell Pres, para peneliti juga menemukan adanya Homo luzonensis di goa di Luzon, Filipina yang diketahui hidup sekitar 50.000 tahun lalu di Luzon atau sezaman dengan Homo floresiensis.

Temuan ini dilaporkan Florent Detroit, paleoantropologis dari Muséum National d’Histoire Naturelle, Perancis, dan timnya dari National Museum of the Philippines serta Australian National University (ANU) di jurnal Naturepada, 11 April 2019.

KOMPAS/AHMAD ARIF

Gen Denisovan telah memberi kekebalan terhadap parasit dan virus pada orang Papua saat ini.

Kunci adaptasi

​Tak hanya memaparkan data baru tentang pembauran manusia, temuan peneliti Eijkman dan tim internasional juga memberikan pengetahuan baru tentang daya tahan dan kekebalan populasi Papua terhadap berbagai parasit dan virus, selain juga untuk memahami metabolisme tubuh mereka terhadap makanan.

​Seperti dituturkan Pradiptajati, timnya telah menemukan adanya fragmen DNA Denisovan yang masih bertahan dengan rantai panjang pada orang Papua saat ini. Padahal, pembauran yang telah terjadi puluhan ribu tahun lalu, biasanya akan memotong rantai DNA menjadi bagian-bagian kecil.

​”Dua fragmen panjang DNA Denisovan pada orang Papua saat ini ternyata memiliki dua fungsi sangat penting, yang membuat mereka bisa beradaptasi dengan kondisi lingkungan di sana,” kata Pradiptajati.

Dua fragmen panjang DNA Denisovan pada orang Papua saat ini ternyata memiliki dua fungsi sangat penting, yang membuat mereka bisa beradaptasi dengan kondisi lingkungan di sana.

​Dua rantai gen itu adalah TNFAIP3 yang terbukti menjadi kunci untuk meningkatkan kekebalan terhadap sejumlah virus dan parasit. ”Ratai gen ini dijaga fragmennya supaya mereka bertahan hidup dengan kondisi lingkungan yang sangat tinggi dengan parasit, malaria, dan penyakit,” katanya.

​Sementara rantai gen lainnya adalah WDFY2 yang terkait dengan metabolisme lipid atau lemak. ”Rantai gen ini membantu proses metabolisme lemak. Ini kemungkinan terkait diet mereka di masa lalu yang kaya protein dibandingkan karbohidrat dan menjadi kunci sukses sebagai pemburu. Menarik dikaji lebih lanjut konsekuensi perubahan pola makan mereka yang terjadi saat ini,” katanya.

​Wakil Direktur Eijkman Herawati Sudoyo Supolo mengatakan, temuan terbaru ini menunjukkan pentingnya pemetaan genetika manusia Indonesia, yang telah diinisiasi lembaganya sejak 16 tahun terakhir, sebagai bagian dari Indonesian Genome Diversity Project (IGDP). Selama itu, mereka sudah mengumpulkan DNA atau sampel genetik, dari 133 suku di 16 pulau di Indonesia. Untuk Papua, baru diperoleh DNA dari 11 suku dari sekitar 220 suku yang ada di kawasan ini.

​”Bukan hanya memahami keberagaman manusia Indonesia, melainkan kajian ini juga berimplikasi penting untuk memahami kesehatan dan daya tahan terhadap penyakit,” kata Herawati.