Virus SARS-CoV-2 dan Variannya Bisa Terdeteksi Dini dari Pengolah Limbah Komunal
›
Virus SARS-CoV-2 dan Variannya...
Iklan
Virus SARS-CoV-2 dan Variannya Bisa Terdeteksi Dini dari Pengolah Limbah Komunal
Para peneliti menunjukkan sampel tinja yang tertampung pada IPAL komunal bisa mendeteksi virus SARS-CoV-2 dan variannya pada suatu populasi. Ini bisa menjadi strategi pendeteksian dini keberadaan dan penyebaran virus.
Oleh
ICHWAN SUSANTO
·3 menit baca
Memiliki instalasi pengolahan air limbah atau IPAL komunal, tak hanya lebih sehat bagi lingkungan, tetapi juga memudahkan mendeteksi keberadaan penyakit pada populasi. Dari sampel tinja pada sekelompok populasi manusia pada area tertentu yang tertampung di IPAL komunal, peneliti bisa mengetahui informasi kondisi kesehatan masyarakat setempat.
Deteksi dini kondisi kesehatan masyarakat itu ternyata berlaku juga bagi penyakit Covid-19. Melalui uji pengurutan gen virus pada sampel air limbah bisa mendeteksi virus SARS-CoV-2 dan varian hasil mutasinya, sebelum virus penyebab Covid-19 ini terdeteksi dan ditegakkan diagnosisnya oleh laboratorium klinik.
Metode ini akan sangat efektif untuk mengetahui keberadaan virus yang bermutasi dan berpotensi menjadi permasalahan besar. Contohnya, penularan Covid-19 yang sangat cepat di Inggris akibat varian baru SARS-CoV-2 bernama B.1.17.
”Virus SARS-CoV-2 dikeluarkan dalam feses mereka yang terinfeksi. Kotoran itu akan berakhir di sistem pembuangan limbah. Dengan mengambil sampel di limbah itu, kita dapat informasi akan adanya infeksi pada populasi. Beberapa sistem pengolahan limbah melayani ribuan orang, beberapa lainnya melayani ratusan ribu orang,” kata Kara Nelson, Guru Besar Teknik Sipil dan Lingkungan pada College of Engineering di University of California-Barkeley.
Mengetahui bahwa SARS-CoV-2 ada dalam suatu populasi adalah langkah pertama dalam memberikan informasi untuk membantu mengendalikan penyebaran virus, tetapi mengetahui varian mana yang ada memberikan informasi tambahan tetapi sangat berguna. (Kara Nelson)
Studi yang dipimpin Kara Nelson ini telah dipublikasikan pada mBio, sebuah jurnal yang terbuka untuk diakses dari American Society for Microbiology.
Pada laman University of California, 19 Januari 2021, Nelson mengatakan, pengambilan sampel di air limbah sangat efisien untuk mendapatkan informasi terkait infeksi. Ini juga mengurangi bias sumber informasi karena informasi didapat dari semua individu yang ”berkontribusi” membuang kotorannya di pengolahan limbah, baik warga yang dites maupun tidak.
”Kita tahu bahwa individu (penderita Covid-19) yang tidak bergejala (asimptomatik) kemungkinan tidak pernah dites,” tuturnya.
Dalam studi ini, tim peneliti mengembangkan dan menggunakan metode baru dalam pengambilan sampel air limbah. Saat para peneliti mengurutkan konsentrasi RNA dan mengekstraknya dari sampel air limbah, akan terdapat kemungkinan strain virus karena banyak individu yang berkontribusi pada sampel itu.
Bagaimana pun sulit untuk menemukan sinyal genetik SARS-CoV-2 dari miliaran bakteri dan virus yang dikeluarkan manusia setiap hari. Para peneliti harus mengidentifikasi keberadaan SARS-CoV-2 dari semua ”sup” materi genom lainnya.
”Cara yang kita butuhkan untuk memproses informasi pengurutan sangat kompleks. Satu kontribusi paper ini adalah kemampuan untuk menyiapkan sampel untuk pengurutan pada air limbah. Daripada langsung mengurutkan pada semua sampel, kami menggunakan pendekatan pengayaan di mana memperkaya RNA yang menarik bagi kita,” tuturnya.
Kemudian, peneliti mengembangkan pendekatan analisis bioinformasi baru yang cukup sensitif untuk mendeteksi perbedaan nukleotida tunggal. ”Anda tidak dapat membuat sesuatu lebih sensitif dari itu,” ujarnya.
Para peneliti mengurutkan RNA secara langsung pada limbah yang dikumpulkan pada IPAL komunal tingkat distrik di Teluk San Francisco. Para peneliti menemukan bahwa kebanyakan genotipe SARS-CoV-2 yang terdeteksi di limbah itu identik dengan temuan di laboratorium klinik wilayah itu.
Di sisi lain, mereka juga mendeteksi varian nukleotida tungal yang mungkin hanya dilaporkan dari daerah lain di Amerika Serikat atau global. Ini menunjukkan penelitian di limbah dapat menjadi skrining pembuktian atau pendeteksi akan introduksi varian virus baru sebelum akhirnya bisa terdeteksi di laboratorium klinis.
Dengan memahami strain SARS-CoV-2 yang ada di populasi dari waktu ke waktu, peneliti dapat mengetahui transmisi varian baru, seperti B.1.17, telah mendominasi penularan.
”Dari semua orang yang dites, hanya sebagian kecil dari sampel tersebut yang diurutkan. Saat Anda mengambil sampel di air limbah Anda dapat memperoleh data komprehensif dan tidak bias pada populasi itu,” tuturnya.
”Tampaknya kami mungkin bisa mendapatkan sinyal lebih awal di air limbah jika varian baru muncul dibandingkan dengan hanya mengandalkan pengurutan sampel klinis. Mengetahui bahwa SARS-CoV-2 ada dalam suatu populasi adalah langkah pertama dalam memberikan informasi untuk membantu mengendalikan penyebaran virus, tetapi mengetahui varian mana yang ada memberikan informasi tambahan tetapi sangat berguna,” imbuhnya.