Virus PMK 2022 Mirip Virus Kamboja

Empat sekuens virus penyakit mulut dan kuku tahun 2022 mirip dengan virus di Kamboja tahun 2019. Virus Indonesia dan virus Kamboja terpisah dari virus yang dianggap pemerintah menyebabkan wabah PMK tahun 2022.

DOKUMENTASI GURU BESAR VIROLOGI DAN BIOLOGI MOLEKULER FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS UDAYANA, I GUSTI NGURAH KADE MAHARDIKA

Hasil susunan pohon kekerabatan empat sekuens virus PMK Indonesia 2022. Susunan pohon kekerabatan merupakan bagian dari analisis bio informartika yang dilakukan Guru Besar Virologi dan Biologi Molekuler Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana, I Gusti Ngurah Kade Mahardika.

JAKARTA, KOMPAS Empat sekuens virus PMK Indonesia 2022 memiliki perbedaan tujuh asam amino dengan O/ME-SA/Ind-2001e, jenis virus yang diklaim pemerintah sebagai penyebab wabah tahun ini. Rata-rata virus O/ME-SA/Ind-2001e ditemukan di Vietnam, China, dan Korea Selatan hanya berbeda satu asam amino.

Perbedaan asam amino tersebut cukup untuk membentuk kluster baru. Dari susunan pohon kekerabatan, pemisahan antara virus PMK Indonesia dan O/ME-SA/Ind-2001e mempunyai nilai statistik 100 persen. Artinya pemisahan ini dianggap tepat oleh perangkat lunak penyusun pohon kekerabatan virus.

Semakin tinggi angka dukungan statistik semakin kuat penilaiannya. "Saya melihat virus PMK di Indonesia kemungkinan merupakan varian baru,” kata Guru Besar Virologi dan Biologi Molekuler Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana, I Gusti Ngurah Kade Mahardika, Minggu (10/7/2022).

DOKUMENTASI GURU BESAR VIROLOGI DAN BIOLOGI MOLEKULER FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS UDAYANA, I GUSTI NGURAH KADE MAHARDIKA

Hasil analisis bio informartika terhadap empat sekuens virus PMK 2022 Indonesia yang dilakukan Guru Besar Virologi dan Biologi Molekuler Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana, I Gusti Ngurah Kade Mahardika. Tabel itu menunjukkan perbedaan tujuh asam amino virus PMK Indonesia bila dibandingkan dengan O/ME-SA/Ind-2001e

Analisa ini merupakan hasil kerja sama Tim Investigasi Kompas dengan Mahardika. Tim menyerahkan empat sekuens virus 2022, dua di antaranya berasal dari Aceh, satu dari Bangka Belitung, dan satu lagi Jawa Timur. Kemudian Mahardika melakukan analisis bio informatika virus-virus tersebut.Hasil pengujian dengan aplikasi khusus yang terhubung dengan bank genetik mengungkap bahwa keempat sekuens virus itu mirip kekerabatannya.

Menariknya, isolat virus PMK Kamboja tidak dimasukkan ke dalam analisis pohon kekerabatan versi Kementerian Pertanian lewat lembaga penelitian di bawahnya. Tiga isolat virus PMK Kamboja yang mirip dengan PMK Indonesia 2022 memiliki kode MZ634454, MZ634455, dan MZ634456. Mahardika memasukkan tiga isolat itu dengan pertimbangan termasuk kasus terbaru yang dilaporkan ke bank genetik (2019).

“Bisa jadi Indonesia dan Kamboja membentuk kluster sendiri. Bisa membentuk turunan Ind-2001e sendiri atau membentuk kluster baru ind-2001-f,” tambahnya. Dia menduga virus Kamboja sempat bereplikasi di negara lain sebelum akhirnya masuk ke Indonesia.

KOMPAS/RUNIK SRI ASTUTI

Peternak menyemprotkan cairan disinfektan pada sapi peliharaannya di Desa Gagang Kepuhsari, Kecamatan Balongbendo, Kabupaten Sidoarjo, Selasa (10/5/2022). Upaya itu untuk mencegah sebaran virus agar tak terjangkit penyakit Mulut dan Kuku (PMK) yang tengah mewabah.

Pelacakan terhadap empat sekuens virus PMK Indonesia 2022 bermula dari sebuah seminar pertengahan Juni 2022. Ketika itu, Kepala Balai Besar Veteriner Wates Hendra Wibawa menampilkan salindia (slide) dengan kop Pusat Veteriner Farma (Pusvetma). Salindia itu memuat jenis virus PMK Indonesia (O/ME-SA/Ind-2001e) dan susunan pohon kekerabatan. Dari situ terungkap isolat virus PMK Indonesia bernama P10-Aceh, P4-Aceh, Gresik Kebomas, dan Babel-AN-PAYUNG.

Sejalan itu, Ombudsman RI pada 10 Juni 2022, memperoleh informasi bahwa berdasarkan analisa bioinformatika virus PMK dari penyakit ternak sapi dan kambing pada Mei 2022 di Indonesia tergolong dalam serotipe O, topotype ME-SA, galur (lineage) Ind-2021, dan sub-linage ‘e’ atau disebut juga sebagai O/ME-SA/Ind-2001e. Kelompok virus ini sebelumnya pernah mendominasi terjadinya kasus PMK di Asia Tenggara seperti Kamboja, Myanmar, Laos, Thailand, dan Vietnam sejak tahun 2020.

Sporadis

Mengutip laman bnpb.go.id per Senin (11/7/2022), kasus PMK sudah ditemukan di 220 kabupaten / kota yang berada di 22 provinsi. Adapun kasus pertama terjadi di Gresik, Jawa Timur pada 2 Mei 2022 lalu.

Melihat pola penyebaran ini, Mahardika meyakini virus yang merebak merupakan virus baru di Indonesia. Pola ini sejalan dengan hasil pencocokan sekuens virus PMK 2022 dengan virus PMK 2015. Ini mengindikasikan, virus di dua tahun itu berasal dari nenek moyang yang berbeda. Pencocokkan virus dilakukan melalui analisis bio informatik dengan cara memasukkan sekuens virus di antara dua tahun berbeda tersebut.

Fakta lain dari pencocokan sekuens virus ini menunjukkan, kekerabatan empat sekuens virus PMK Indonesia 2022 di Indonesia masih terbagi dua. Kekerabatan ini membelah antara dua isolat di Aceh dengan isolat dari Bangka Belitung dan Jawa Timur. Maknanya, ada hubungan kekerabatan yang dekat antara dua isolat di Aceh. Begitu pun dengan isolat Bangka Belitung dan Jawa Timur, keduanya saling berhubungan dekat.

“Sepertinya ada faktor mobilitas hewan ternak dari Jawa Timur ke Bangka Belitung yang membuat dua isolat itu dekat,” tutur peneliti pendamping Kompas yang tidak mau disebut identitasnya.

Daging impor

Dengan fakta ini, sebagian kalangan meyakini ada komoditas tertentu yang terinfeksi virus PMK. Lalu, komoditas tersebut tersebar di sejumlah wilayah yang terdeteksi menjadi sumber wabah awal di Indonesia. “Dengan wilayah geografis yang luas, dan kejadian hampir berbarengan, berarti ada sesuatu dalam jumlah besar yang tertular virus PMK kemudian tersebar, tanpa disadari, bukan disengaja, dan menyebar,” kata Mahardika.

Menurut ahli biologi molekuler itu, pemerintah dan peneliti sewajarnya mulai mencermati masuknya daging beku impor dari negara endemik PMK. Untuk memastikan bahwa daging impor itu aman, perlu ada penelitian lebih lanjut. Awal Juni lalu, Kompas pernah membeli daging beku berlabel India di toko online (daring). Namun setelah diuji kandungan virus PMK nya, hasilnya negatif. Belum ada kajian berikutnya setelah hasil itu keluar dari laboratorium.

Melihat pola penyebaran ini, Mahardika meyakini virus yang merebak merupakan virus baru di Indonesia. Pola ini sejalan dengan hasil pencocokan sekuens virus PMK 2022 dengan virus PMK 2015. Ini mengindikasikan, virus di dua tahun itu berasal dari nenek moyang yang berbeda

Risiko terkait masuknya daging tanpa tulang dari India pernah disampaikan Tim Audit Analisa Risiko Impor Rencana Pemasukan Daging Kerbau Beku dari India tahun 2016. Pada butir keempat, rekomendasi, tim mengingatkan risiko cenderung akan meningkat dengan bertambahnya volume importasi. Maka untuk memitigasi risiko disarankan agar pemasukan daging kerbau tanpa tulang dari India ke wilayah Indonesia sebaiknya digunakan sebagai bahan baku industri.

Kenyataannya, daging kerbau dari India dapat diperoleh dengan mudah oleh konsumen sebagaimana pernah dibuktikan Kompas awal Juni lalu Meski demikian Tim Audit menilai, kemungkinan virus PMK India terbawa masuk ke dalam wilayah melalui impor daging kerbau dapat diabaikan. Dengan demikian, pemasukan daging kerbau tanpa tulang dari India ke Indonesia dapat dilakukan.

KOMPAS/RADITYA HELABUMI

Daging kerbau impor dari India yang dijual dalam operasi pasardi Kantor Kelurahan Cipondoh Indah, Cipondoh, Kota Tangerang, Banten, Senin (7/3/2022). Harga daging sapi saat ini belum menunjukan penurunan harga. Pemerintah menerbitkan izin impor 100.000 ton daging kerbau beku dan 20.000 ton daging sapi beku guna mengendalikan harga serta memenuhi kebutuhan masyarakat.

Importasi daging kerbau juga menjadi sorotan Guru Besar Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada R Wasito. Ia tidak yakin daging beku yang masuk ke Indonesia betul-betul aman dari virus PMK. Daging biasanya masuk dalam jumlah besar. “Kalau masuk satu truk saja, misalnya, bagaimana cara mengambil sampelnya,” tambahnya.

Dia menyayangkan riset mengenai hal itu terbatas. Sehingga belum banyak informasi yang diperoleh dari masuknya daging kerbau ke Indonesia. Wasito mempertanyakan, mengapa kecurigaan ke keamanan daging kerbau tidak ditindaklanjuti dengan pengujian sampel daging itu.

Wasito melihat ada hal-hal yang tidak transparan dalam penanganan wabah kali ini. Kewaspadaan semestinya sangat tinggi mengingat potensi penyebaran virus bisa melalui banyak faktor.

KOMPAS/YOLA SASTRA

Vaksinator menyuntikkan vaksin penyakit mulut dan kaki (PMK) pada sapi di kandang UPT Pembibitan Ternak Dinas Pertanian Kota Padang, Kelurahan Air Pacah, Kecamatan Koto Tangah, Padang, Sumatera Barat, Rabu (29/6/2022). Ada 100 ekor sapi brahman cross disuntik vaksin PMK tahap pertama oleh petugas Distan Padang untuk mencegah penularan wabah tersebut.

Pelacakan asal virus pun mesti serius dilakukan dengan mengambil sebanyak-banyaknya contoh sampel virus di daerah-daerah yang terkena PMK. Namun pemerintah belum menjelaskan sekuens virus PMK 2022 ini berasal dari berapa banyak sampel dan jenis hewan apa saya yang diuji. Mestinya pemerintah menjelaskan ini sehingga analisa mengenai penanganan wabah menjadi lebih tepat. “Banyak hal yang kurang transparan,” ujarnya.

Lantaran merebak luas dan jumlah kasus yang besar, sangat mungkin jenis virus di sebuah wilayah berbeda dengan wilayah lain karena perbedaan antigenisitas. Semakin banyak sampel virus, maka semakin tinggi akurasi dalam menentukan jenis virusnya. Informasi ini juga dibutuhkan dalam menentukan jenis vaksin.