Varian Omicron Dikhawatirkan Berada di Balik Lonjakan Kasus Covid-19
Varian SARS-CoV-2 penyebab Covid-19, Omicron, terus menyebar makin luas, dengan yang terbaru terdeteksi di India. Keberadaan varian ini dikhawatirkan memicu lonjakan kasus penyakit infeksi tersebut.
Oleh
Ahmad Arif
·4 menit baca
AP PHOTO/DENIS FARRELL
Seorang perempuan mengenakan masker untuk mencegah penularan Covid-19 sambil menggendong anaknya di punggung di pinggir jalan yang ramai di Pretoria, Afrika Selatan, Sabtu (27/11/2021). Di tengah dunia khawatir mengadapi penyebaran varian baru Covid-19, Omicron, para ilmuwan berjuang mengatasi penyebaran varian yang pertama kali diidentifikasi di negara tersebut.
JAKARTA, KOMPAS — Kasus baru Covid-19 Afrika Selatan, yang telah melaporkan keberadaan varian Omicron, meningkat hampir dua kali lipat dalam sehari, melebihi saat terjadi gelombang kasus akibat Delta. Pada saat yang sama, varian Omicron menyebar makin luas, dengan yang terbaru terdeteksi di India.
Data penularan Covid-19 di Afrika Selatan yang bisa diakses di worldometers.info pada Kamis (2/12/2021) menunjukkan, kasus Covid-19 baru yang dikonfirmasi naik dua kali lipat menjadi 8.561 orang pada Rabu (1/12) dibandingkan sebelumya 4.373 kasus sehari sebelumnya.
Afrika Selatan sebelumnya mengalami periode penularan rendah pada awal November dengan rata-rata hanya sekitar 200 kasus baru per hari. Akan tetapi, pada pertengahan November kasus baru mulai meningkat pesat seiring dengan ditemukannya varian Omicron. Kasus-kasus baru yang dilaporkan Rabu ini mewakili tingkat kepositifan 16,5 persen dari kasus yang diuji, naik dari tingkat 1 persen pada awal November.
Epidemiolog Griffith University Dicky Budiman mengatakan, lonjakan kasus dan test positivity rate terutama terjadi di Provinsi Guateng, Afrika Selatan yang menjadi episenter awal ditemukannya varian baru Omicron. Sebanyak 6.168 kasus ditemukan dalam sehari di provinsi ini dengan tren rata-rata dalam 7 hari naik 424 persen. Sementara insiden kasus 25 persen dari puncak sebelumnya, dua kali tiap 3,5 hari dengan angka kepositifan 15,9 persen.
Kompas
Lonjakan kasus di Provinsi Guateng, Afrika Selatan saat ini jauh lebih tajam dibandingkan saat terjadinya gelombang COvid-19 akibat Delta dan Beta. Sumber: Dicky Budiman, 2021
”Lonjakan kenaikan kasus jauh lebih tinggi dibandingkan saat terjadinya lonjakan kasus yang disebabkan varian Delta dan Beta,” kata Dicky. Menurut dia, terlalu dini untuk memastikan varian Omicron bertanggung jawab atas peningkatan kasus, tetapi data awal ini menjadi alarm.
Laporan dari The National Institute for Communicable Diseases South of Africa menunjukkan, tingkat keterisian tempat tidur di rumah sakit meningkat 144 persen atau meningkat dua kali lipat setiap enam hari. Sebanyak 10 persen kasus yang dirawat karena Covid-19 adalah anak-anak berusia di bawah lima tahun.
Lonjakan kenaikan kasus jauh lebih tinggi dibandingkan saat terjadinya lonjakan kasus yang disebabkan varian Delta dan Beta.
Menurut Dicky, sekalipun ada kenaikan pasien rawat di rumah sakit, namun lonjakannya tidak terlalu tinggi. Hal ini kemungkinan disebabkan pasien yang banyak terinfeksi masih berusia remaja atau muda dan sebagian besar sudah memiliki kekebalan karena vaksin atau pernah tertular varian sebelumnya.
Penyebaran Omicron juga terus bertambah. Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melaporkan ada 23 negara di seluruh dunia melaporkan kasus varian Covid-19 Omicron dengan tambahan Arab Saudi, Amerika Serikat, dan Korea Selatan.
”Setidaknya 23 negara di lima dari enam wilayah WHO kini telah melaporkan kasus Omicron dan kami memperkirakan jumlah itu terus bertambah,” kata Direktur Jenderal WHO Tedros Adhanom Ghebreyesus dalam keterangan pers, Rabu (1/12) di Geneva, Swiss.
Kompas
Seorang staf mengenakan baju pelindung diri memandu seorang pelaku perjalanan yang tiba di Bandara Internasional Incheon, pada 30 November 2021. Kewaspadaan negara-negara meningkat seiring menyebarnya varian Covid-19, Omicron.
Pada Kamis, India melaporkan telah mendeteksi keberadaan varian ini. Dua pria di negara bagian Karnataka, India Selatan telah dites positif untuk varian Omicron setelah kembali dari luar negeri.
Dampak pada tes PCR
Direktur Pascasarjana Universitas YARSI dan Guru Besar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia Tjandra Yoga Aditama mengatakan, dengan melihat perkembangan terkini Omicron, Indonesia mesti meningkatkan kewaspadaan dengan pendekatan risiko dan mitigasi berlapis.
Tjandra mengatakan, dampak Omicron amat luas, termasuk pada pemeriksaan tes PCR (reaksi rantai polimerase). ”Mutasi spike protein (protein paku) di posisi 69-70 pada Omicron menyebabkan terjadi fenomena 'S gene target failure (SGTF)' di mana gen S tidak akan terdeteksi dengan tes PCR lagi. Hal ini disebut juga drop out gen S,” tuturnya.
Meski ada masalah di gen S, ada gen-gen lain yang bisa dideteksi sehingga secara umum PCR masih dapat berfungsi. Justru tidak terdeteksinya gen S pada pemeriksaan PCR dapat dijadikan indikasi awal kemungkinan yang diperiksa adalah varian Omicron, yang perlu dilanjutkan dengan pemeriksaan ”Whole Genome Sequencing (WGS)” untuk memastikannya.
Tjandra mengutarakan, dengan keterbatasan kemampuan WGS, Indonesia bisa memanfaatkan fenomena SGTF untuk menyaring mana yang prioritas dilakukan WGS. Faktor lain untuk penapisan dini adalah dengan melihat kasus berat, kluster, atau ada kasus yang tidak wajar perburukan gejala klinisnya.
Kompas/Hendra A Setyawan
Mural kampanye tentang pandemi Covid-19 tergambar di kawasan Cikokol, Jakarta, Jumat (29/10/2021). Indonesia bisa menghindari terjadinya gelombang ketiga Covid-19 jika semua pihak bekerja sama meminimalkan risiko penularan. Selain tetap menjalankan protokol kesehatan dan meningkatkan pengetesan serta pelacakan, kita juga perlu mewaspadai masuknya varian baru, di antaranya Delta Plus.
”Kalau di suatu daerah ditemukan peningkatan sampel laboratorium yang menunjukkan SGTF maka ini mungkin dapat menjadi suatu indikasi sudah beredarnya varian Omicron,” tuturnya.
Menurut Tjandra, pemeriksaan WGS di Indonesia masih perlu ditingkatkan. Dari data GISAID sampai 1 Desember 2021, Indonesia memasukkan 9.265 urutan data genom SARS-CoV-2, sementara Singapura sudah memasukkan 10.151 data, Afrika Selatan dengan penduduk tak sampai 60 juta memasukkan 23.917 data genom serta India bahkan sudah memasukkan 84.296 data genom.
”Penduduk kita kira-kira seperempat dari penduduk India, jadi kalau India sekarang sudah memeriksa lebih dari 80.000 sampel, seyogianya kita harusnya dapat juga sudah memeriksa sekitar 20.000 sampel,” ujarnya.
