Tiga Varian Lokal SARS-CoV-2 Dominan di Indonesia

Terdapat enam varian virus penyebab Covid-19 yang saat ini mendominasi di Indonesia. Disebut varian lokal karena pertama kali diidentifikasi dan memiliki penyebaran dengan persentase tinggi di suatu wilayah.

KOMPAS/AGUS SUSANTO

Penumpang bus antarkota antarprovinsi (AKAP) antre menjalani tes cepat antigen di Terminal Terpadu Pulo Gebang di Jakarta Timur, Selasa (18/5/2021). Penumpang yang hasil tesnya reaktif wajib menjalani isolasi mandiri di ruangan yang disediakan di terminal sebelum menjalani tes usap PCR dan dibawa ke rumah sakit jika positif Covid-19. Dari ratusan pemudik yang dites, dua orang hasilnya reaktif. Sedikitnya 2.244.096 pemudik kembali ke Ibu Kota.

JAKARTA, KOMPAS — Penularan Covid-19 yang terus terjadi di komunitas telah memicu penyebarluasan sejumlah varian virus SARS-CoV-2 di Indonesia. Setidaknya terdapat enam varian virus penyebab Covid-19 yang saat ini mendominasi di Indonesia, tiga di antaranya merupakan varian lokal yang karakternya belum banyak diketahui.

Keberadaan tiga varian lokal ini disampaikan oleh peneliti genomik molekuler dari Aligning Bioinformatics, Riza Arief Putranto, Rabu (19/5/2021), berdasarkan data dari GISAID dan analisis visual oleh Regeneron. Tiga varian lokal itu adalah B.1.466.2 sebesar 26 persen, B.1.470 sebesar 22 persen, dan B.1.459 sebesar 7 persen.

Disebut varian lokal karena pertama kali diidentifikasi dan memiliki penyebaran dengan persentase tinggi di suatu wilayah. (Riza Arief Putranto)

Adapun tiga varian impor yang cukup dominan adalah B dari Wuhan dan Eropa 2 persen, B.1 dengan mutasi D614G dari Eropa  8 persen, dan B.1.1 dari Eropa 7 persen.  ”Disebut varian lokal karena pertama kali diidentifikasi dan memiliki penyebaran dengan persentase tinggi di suatu wilayah,” kata Riza.

Riza mengatakan, hingga saat ini karakter virulensi dan implikasi klinis dari tiga varian SARS-CoV-2 dominan yang berkembang dari Indonesia ini belum banyak diketahui. Namun, untuk  B.1.466.2 diketahui memiliki 7 mutasi, termasuk N439K dan D614G. Adapun varian B.1.470 dan B.1.459 masing-masing memiliki 4 mutasi, salah satunya D614G.

”Masih diperlukan studi untuk mengetahui kecepatan penularan, peningkatan gejala, dan penurunan efikasi antibodi dari ketiga varian tersebut,” kata Riza.

Baca juga: Transmisi Lokal Varian Baru Covid-19 Berpotensi Jadi Bom Waktu

Sampel Indonesia

Data di GISAID menunjukkan, hingga saat ini Indonesia telah mendaftarkan 1.686 data genom utuh SARS-CoV-2 dari 1,7 juta kasus Covid-19 yang ditemukan. Ini berarti, baru 0,097 persen virus yang ditemukan di Indonesia dianalisis sekuensnya.

Jumlah ini masih sangat terbatas dibandingkan dengan negara-negara lain. Hingga saat ini, total data genom utuh virus korona baru ini yang didaftarkan di GISAID sebanyak 1,6 juta dari sejumlah negara.

Amerika Serikat mendaftarkan data paling banyak, yaitu 440.190 genom atau 1,35 persen dari kasus Covid-19 yang ditemukan di negara itu. Inggris mendaftarkan 407.339 genom atau 9,15 persen dari kasus Covid-19 yang ada. Adapun Jerman mendaftarkan 117.064 genom atau 3,25 persen dari kasus Covid-19 yang ada.

Semakin tinggi persentase kasus Covid-19, yang dianalisis genomnya akan semakin baik datanya. Dari segi persentase ini, Australia menjadi yang tertinggi karena mereka mendaftarkan 17.729 data genom dari 29.000 kasus Covid-19, yang berarti sekitar 59 persen spesimennya dianalisis secara genomik.

Dari data ini, sampai saat ini, varian yang paling mendominasi secara global adalah strain Inggris (B.1.1.7), strain Afrika Selatan (B.1.351), dan strain Brasil (P.1). Adapun varian yang menunjukkan perkembangan terpesat adalah B.1.617 dari India yang diketahui memiliki kemampuan lebih menular.

Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin dalam diskusi daring ”Gebyar Vaksinasi Lansia” pada Selasa (18/5/2021) mengatakan, saat ini telah teridentifikasi 26 kasus yang membawa variant of concern atau varian baru yang jadi perhatian di Indonesia, yaitu 14 kasus B.1.1.7, 10 kasus B1617, dan 2 kasus B.1351.

Kasus dengan varian B117 terdeteksi berada di Sumatera Utara sebanyak dua kasus, Sumatera Selatan satu kasus, Banten satu kasus, Jawa Barat lima kasus, Jawa Timur dua kasus, Kalimantan Timur satu kasus, dan Bali dua kasus. Sebanyak enam kasus B117 berasal dari impor atau dibawa oleh pekerja migran Indonesia dari Arab Saudi yang terdeteksi berada di Karawang (Jawa Barat), Kota Balikpapan (Kalimantan Timur), Jawa Timur, dan Kota Bogor (Jawa Barat).

Adapun delapan kasus lainnya dilaporkan berasal dari transmisi lokal atau penularan antarmasyarakat, yakni di Tapin (Kalimantan Selatan), Palembang (Sumatera Selatan), Kota Medan (Sumatera Utara), Kabupaten Karawang (Jawa Barat), dan Kota Tanjung Balai (Sumatera Utara).

Kasus varian B1351 asal Afrika Selatan telah teridentifikasi satu kasus WNI di Bali yang meninggal pada Februari lalu dan satu kasus teranyar yang ditemukan di Jawa Timur. Untuk varian B1617 asal India saat ini sudah ada 10 kasus. Rinciannya, 4 kasus di Sumatera Selatan, 1 kasus di Sumatera Utara, 3 kasus di Kalimantan Tengah, dan 2 kasus di DKI Jakarta.

Keberadaan varian baru SARS-CoV-2 dari India di Indonesia pertama kali dilaporkan Direktur Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular Langsung Kementerian Kesehatan Siti Nadia Tarmizi, awal Mei 2021. Namun, B.1.617 ternyata sudah ada di Indonesia sejak Januari 2021.

Baca juga: Ancaman Tsunami Covid-19 dari Varian India

Sampel yang mengandung B.1.617.2 telah ditemukan dari spesimen pelaku perjalanan di Jakarta pada 7 Januari. Berikutnya, seorang pasien di RSUP Dr Mohammad Hoesin, Palembang, yang diambil sampelnya pada 8 Januari, juga kedapatan membawanya. Jeda waktu yang panjang antara pengambilan sampel dan pelaporan penemuan varian ini disebabkan keterlambatan surveilans genomik di Indonesia.