Selangkah Lagi Mengenali Karakteristik SARS-CoV-2 di Indonesia

Indonesia selangkah lagi bisa mengenali karakteristik virus korona baru SARS-CoV-2 pemicu Covid-19 yang beredar di Indonesia. Hal itu seiring dengan keberhasilan Lembaga EIjkman mengurutkan keseluruhan genom virus itu.

KOMPAS/ABDULLAH FIKRI ASHRI

Petugas mengecek sampel di Laboratorium Fakultas Kedokteran Universitas Swadaya Gunung Jati (UGJ) di Cirebon, Jawa Barat, Senin (5/4/2020). Laboratorium tersebut segera menjadi tempat pengujian Covid-19 di Cirebon dan sekitarnya. Dalam sehari, laboratorium tersebut dapat memeriksa 100 - 150 sampel. Dengan begitu, deteksi virus korona jenis baru penyebab Covid-19 dapat segera dilakukan.

JAKARTA, KOMPAS—Lembaga Biologi Molekuler Eijkman berhasil mengurutkan keseluruhan genom SARS-CoV-2 di Indonesia. Data genom ini dibutuhkan untuk mengetahui karakteristik dan galur virus korona baru penyebab Covid-19 yang beredar di Indonesia, selain juga diperlukan untuk pengembangan vaksin.

Data urutan keseluruhan genom (full genome) SARS-CoV-2 dari tiga isolat dari pasien di Indonesia telah didaftarkan Eijkman di platform Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), situs daring yang menjadi wadah bagi para ilmuwan di seluruh dunia menyimpan dan berbagi informasi tentang virus yang tengah mewabah.

"Ini untuk pertama genom total SARS-CoV-2 di Indonesia yang panjangnya 29.000 basa didaftarkan di GISAID. Sebelumnya, Litbang (Badan Penelitian dan Pengembangan) Kesehatan Kementerian Kesehatan pernah mendaftarkan juga, namun bukan full genome dengan panjang urutan hanya di kisaran 400 - 600 basa saja," kata Hidayat Trimarsanto, peneliti di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, di Jakarta, Senin (4/5/2020).

Baca juga Pengembangan Riset dan Inovasi Covid-19 Dipercepat

Menurut Hidayat, tiga genom SARS-CoV-2 ini berasal dari spesimen yang diambil selama bulan Maret 2020. "Kami masih menyiapkan empat isolat lagi untuk didaftarkan di GISAID. Kalau semuanya sudah di-submit, baru akan kami analisis lebih jauh," kata dia.

Ini untuk pertama genom total SARS-CoV-2 di Indonesia yang panjangnya 29.000 basa didaftarkan di GISAID.

Virus di Indonesia ini belum diketahui genotipenya, karena GISAID masih belum memasukkan data tersebut dalam sistem analisa global mereka. Sejauh ini, GISAID telah mengumpulkan 16.000 data genom SARS-CoV-2 dari berbagai negara di dunia. Hampir semua negara lain di Asia, termasuk Malaysia, Vietnam, Kamboja dan Filipina, telah lebih dulu mendaftarkan datanya dan telah dianalisa kekerabatannya.

"Tetapi kemungkinannya isolat yang kami kirim ini masih dekat dengan strain Wuhan, berhubung ini temasuk sampel awal," kata Hidayat.

Wakil Kepala Lembaga Eijkman Herawati Supolo Sudoyo mengatakan, data tentang genetik virus SARS-CoV-2 yang beredar di Indonesia ini sangat penting untuk kepentingan studi epidemiologi lebih lanjut. Data ini bisa dipakai untuk mengevaluasi tes diagnostik, melacak kasus, dan mengidentifikasi opsi intervensi potensial untuk menekan penyebaran, hingga pengemabngan obat-obatan. "Data ini jadi dasar bagi pengembangan vaksin di Indonesia," tuturnya.

Untuk mendukung hal tersebut, menurut dia, Eijkman menargetkan untuk mengurutkan genom dari 100 spesimen SARS-CoV-2 yang adan di Indonesia. "Tetapi ini tergantung dari dananya juga. Sejauh ini sudah ada donasi dari swasta untuk mengurutkan 25 spesimen," kata Herawati.

Terus bermutasi

Ketua Perhimpunan Dokter Paru Indonesia Agus Dwi Susanto mengatakan, informasi mengenai genom virus pemicu Covid-19 di Indonesia sangat penting untuk mengetahui karakternya. "Ada dugaan tipe virus korona yang lebih mematikan dibandingkan yang lainnya. Kita perlu tahu, tipe yang mana di Indonesia," ungkapnya.

Seperti diketahui, SARS-CoV-2 yang merupakan virus RNA ini terus bermutasi. Mengacu pada data di GISAID, ada empat kelompok besar dari SARS-CoV-2, yaitu S, G, V, dan O.

KOMPAS/JUMARTO YULIANUS

Petugas menyemprot boks berisi spesimen swab dengan cairan disinfektan saat baru tiba di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKLPP), Banjarbaru, Kalimantan Selatan, Senin (4/5/2020). Spesimen swab dari Kalimantan Selatan dan Kalimantan Tengah diperiksa di laboratorium BBTKLPP Banjarbaru untuk mengonfirmasi kasus Covid-19. Pemeriksaan spesimen swab di laboratorium BBTKLPP Banjarbaru dilakukan sejak 4 April 2020. Jumlah spesimen yang telah diperiksa mencapai 1.298 spesimen.

Sementara penelitian yang dilakukan Li Lanjuan dan tim dari Universitas Zhejiang di Hangzhou, Cina dan diterbitkan dalam makalah non-peer-review di situs medRxiv.org menyebutkan, virus ini telah bermutasi menjadi lebih dari 30 karakter yang berbeda.

Penelitian ini juga menemukan bahwa jenis yang berbeda dapat menghasilkan tingkat viral load atau banyaknya virus yang sangat berbeda dengan yang lain. Hal ini membuat satu strain jauh lebih berbahaya dibandingkan lainnya.

Baca juga Mengenali Gejala dan Prosedur Tes Covid-19

Satu strain, misalnya, bisa menghasilkan 270 kali viral load, yang berarti orang yang terinfeksi menghasilkan 270 kali lebih banyak virus dibandingkan strain yang paling tidak kuat.

Berdasarkan data ini, Li mengajukan menjelaskan mengapa beberapa kasus Covid-19 secara signifikan lebih buruk daripada yang lain. Li mengisolasi strain yang berbeda dan mengukur seberapa cepat dan efektif mereka dapat menginfeksi dan membunuh sel inang.

Makalah ini juga melacak berbagai jenis wabah di berbagai belahan dunia, menemukan bahwa versi SARS-CoV-2 yang menyebar ke seluruh Eropa dan New York adalah pembunuh yang jauh lebih efisien daripada yang menyerang bagian lain AS seperti Washington. Li juga menyarankan, pengembangan obat-obatan dan vaksin, perlu memperhitungkan berbagai strain virus ini.